Érdeklődését egy német nyelvű folyóiratban megjelent, arab országbeli életképet ábrázoló fametszet keltette fel a mesés Kelet iránt. A budapesti egyetem bölcsészkarára iratkozott be, közben Vámbéry Ármin pártfogását élvezve törökül, perzsául és arabul is tanult. 1903-ban Konstantinápolyban belekeveredett a reformokat követelő ifjútörök mozgalomba, amiért kémként halálra ítélték, de végül kiszabadult, sőt kártérítést is kapott. Törökország után Bécsben és Lipcsében hallgatott előadásokat, három évig Londonban a British Múzeum ösztöndíjasa volt. 1907-ben avatták bölcsészdoktorrá, 1912-től Budapesten török és arab nyelvet tanított a Keleti Akadémián.

1915-ben megismerkedett Musztafa Kemal pasával, aki később Atatürk néven a Török Köztársaság első elnöke lett, s akinek meghívására a húszas évek végén beutazta az országot. A Nobel-díjas bengáli költő, Rabindranath Tagore felkérésére 1928-ben ő szervezte meg a santiniketáni egyetem iszlámtörténeti tanszékét. Feleségével, Hajnóczy Rózsával három évet töltött Indiában, itt tért át az iszlám hitre, moszlim nevének az Abdul Kerimet (a Kegyes Isten szolgája) választotta. 1935-ben az első európaiak egyikeként végezte el a mekkai zarándoklatot, ezután viselhette a hádzsi címet. Utazását, amelynek során titokban fényképeket is készített és iratokat, dokumentumokat írt le, Allah Akbar című könyvében örökítette meg.

Germanust a második világháború kitörése az arab világban érte, Egyiptomban gyanús neve miatt kémkedés gyanújával rövid időre le is tartóztatták. Kalandos útja során elvégezte második zarándoklatát, de a világégés miatt haza kellett térnie. Felesége nem tudta elviselni a háború borzalmait, s Budapest ostroma alatt öngyilkos lett. Germanus a negyvenes évek végén nősült újra, Kajári Katóban igazi társra talált.

A háború után folytatta oktatómunkáját. Hosszú utazásokra már nem vállalkozott, de az arab világból jövő meghívásoknak eleget tett, s már elmúlt nyolcvan éves, amikor szintén iszlám hitre tért feleségével újra elzarándokolt Mekkába. Bár sohasem volt párttag, 1958-1966 között országgyűlési képviselővé is választották. Mérhetetlenül gazdag, hosszú élete során ötvenhat évig tanított török, perzsa és arab nyelvet és iszlám művelődéstörténetet. Tudományos munkásságát az egész világon elismerték, rangos szaklapokban publikált, egyetemeken adott elő, számos tudós társaság tiszteletbeli vagy rendes tagja volt. Személyes ismerősének tudhatta Fejszál szaúdi királyt, Gandhit, Nehrut, Nasszert és Arábiai Lawrence-t. A törökön és arabon kívül kiválóan beszélt perzsául, azeriül, angolul, németül, olaszul, franciául, spanyolul, jártas volt a szláv és a skandináv nyelvekben is. Szerette a hazáját, büszke volt magyarságára, külföldi útjain az egész testet elfedő iszlám öltözék alatt mindig a testére csavarva viselte a magyar nemzeti lobogót.

Egy nappal kilencvenötödik születésnapja után, 1979. november 7-én halt meg Budapesten, mohamedán szertartás szerint helyezték végső nyugalomra a Farkasréti temetőben. Tudományos hagyatéka az Érden található Magyar Földrajzi Múzeumban látható.